Ozon terapinin farklı endikasyonlarda farklı kullanım yöntemleri mevcuttur. Tüm bu uygulamalar, ozon terapi prensiplerini standart hale getirmek amacıyla çalışma yürüten Uluslararası Ozonterapi Bilim Kurulu tarafından (International Scientific Committee on Ozonotherapy (ISCO3) )bulunmaktadır.   

Çoğunlukla tercih edilen yöntem damar yolu ile hastaya uygulamak olmakta ve bu yönteme “major “terapi” denilmektedir. Öncelikle hastadan bir miktar kan alınmakta, alınan bu kan ozon-oksijen gaz karışımı ile karıştırılmakta ve tekrar hastaya damar yolu ile geri verilmektedir. 

Daha az miktarda kan alıp, yine aynı şekilde kanın ozonlanıp bu sefer damar yerine kas içine enjekte edilmesine ise minör terapi denilmektedir.

Özellikle yara tedavisinde (Örneğin şeker hastalarının ayaklarında iyileşmeyen yaralar gözlenebilmektedir.) torbalama methodu ile ozon terapi uygulanmaktadır.

Major tedavinin uygulanamadığı durumlarda ise ozon rektal yoldan direkt barsaklara verilmekte ve buna rektal ozon uygulaması adı verilmektedir.

Eklem içi uygulama ve sauna yöntemi de ozon terapinin sıklıkla tercih edilen uygulama yöntemleri arasında yer almaktadır.

Ozonterapide seans sayısı ve süresi her hastanın ihtiyacına ve hastalığına göre değişiklik göstermektedir. Ama genellikle 10 seans ozonterapi önerilmektedir. İlk 3 hafta; haftada 2 defa sonrasında ise haftada 1 seans düzenlenmekte ve 1 seans yaklaşık 30-45 dk sürmektedir.

Hiçbir yan etkisi olmayan ozon tedavinin herkese uygulanması mümkündür. Tedavinin yan etkisi olmadığı gibi, ilaç etkileşimi de bulunmamaktadır. Bu nedenle insan sağlığını koruma ve hastalıklarla mücadelede ozon terapinin yeri büyüktür. Ozon terapi uygulamasının önerilmediği ya da öncesinde laboratuvar tetkiklerinin dikkatle değerlendirilmesi gereken durumlar ise şu şekilde sıralanabilmektedir:

• İleri derecede anemi
• Hemofili
• Hipertiroidi
• Kronik pankreatitler,
• Yeni geçirilmiş kalp enfarktüsü ve kanamanın aktif olarak devam ettiği hastalıklar